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Les Protozoaires sont des protistes hétérotrophes c'est-à-dire des eucaryotes unicellulaires phagocyteurs qui diffèrent des Protophytes autotrophes et des Mycétozoaires ou Protomycètes ou Protistes fongoïdes (qui ont la particularité d'avoir des similitudes cytomoléculaires avec les Oomycètes et les Eumycètes.

Les caractères polyphylétique des Protistes et paraphylétique des Protozoaires rendent difficile l'établissement d'une classification de ces organismes non métazoaires (mais parfois coloniaux). Certains protistes possèdent un ou deux flagelles: ils sont respectivement unicontes ou bicontes. Mais vu que des protistes non flagellés ont pour ancètres des flagellés, ils peuvent être classés dans l'un ou l'autre de ces sous-domaines.

La reproduction des Protozoaires est en général asexuée (scissiparité). Mais les Paramécies sont capables de conjugaison et le Plasmodium prend des formes sexuées lors de son cycle à cheval sur 2 hôtes.

 

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